제주특별자치도와 애경그룹의 합작으로 설립된 대한민국의 중형급 저비용 항공사. 제주도의 항공교통을 개선하여 제주도민과 제주도 관광객의 편의를 도모한다는 목적으로 2005년 1월 25일에 설립되었으며, 제주국제공항에 기반을 두어 2006년 6월 5일 제주-김포노선에 첫 취항하였다. 이제 설립 15주년을 넘긴 중견급 저비용항공사로, 저비용항공사 중 코스피 상장사이자 2017년 진에어가 유가증권시장에 상장되었고, 그 전까지는 제주항공이 LCC 업계 유일의 상장사였다. 한국 저비용 항공사 중 최대인 43대의 항공기를 보유하고 있는, 말 그대로의 국내 LCC의 선두주자다.
국내의 항공기 동호인들이 부르는 별칭은 감귤항공. 기내식 음료에 100% 제주도 감귤로 만든 감귤 주스가 있다.
설립 초기에 한성항공과 함께 한국의 저비용항공 시장을 개척할 것으로 기대를 받았다. 한성항공은 2008년 10월 18일에 운항을 정지했다가 이름을 티웨이항공으로 바꾸고 2010년 9월 16일에 재취항했다. 지금은 건실히 버티고 있는 저비용 항공사이며, 한국 저비용 항공사 중 최초로 국제선에 취항하는 등 국내 저비용항공시장을 이끌 회사로 많은 기대를 받고 있다.
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당초 2013년에 기업공개를 할 예정이었으나, 상장요건을 충족하지 못해서 계속 연기되다가 [하반기로 확정되었다.] 2015년 8월 20일 제주항공이 한국거래소 유가증권시장부에 NH투자증권을 주관사로 상장예비심사를 청구함에 따라 기업공개 작업에 들어갔고, 2015년 11월 6일 유가증권시장에 상장하였다. 이는 국내 저비용 항공사 중 최초의 코스피시장 상장 사례로 남게 됐다.
