1999년 지구의 태평양 외딴 섬 남아타리아에 외계 우주선이 불시착한다. 인류 각국은 추락한 외계 우주선을 ASS-1 ( Alien StarShip-1 ) 으로 명명하고 내부를 조사하기 위해 합동 탐사대를 파견하였다. 조사 끝에 이 함선의 주인은 인류의 과학수준을 아득하게 앞선 초고도 문명을 지닌 외계인이며, 함선 내부 구조를 통해 외계인들의 신장이 인간의 약 10배에 달한다는 것, 그리고 추락한 함선이 아무리 전함이라곤 하지만 여가 및 편의시설, 문화의 잔재가 조금도 없었다는 점에서 이들이 극히 호전적인 성향임을 파악하였다. 처음으로 지구 외 외계 생명체의 존재를 확인한 충격이 가실 새도 없이, 각 국가들은 인류보다 앞선 기술력과 신체능력을 지닌 호전적인 성향의 외계인들이 인류에 적대적일 가능성을 우려하였고, 이러한 외계인과의 조우에 대비하기 위해서 세계 각국은 인류 통합정부의 필요성을 주장했다. 하지만 모든 국가가 여기에 찬성한 것은 아니었기 때문에 지구는 통합군 주로 미국을 위시한 자유진영 국가들과 반통합군 러시아와 동유럽 주축의 세력의 두 세력으로 나뉘어 훗날 통합전쟁이라고 부르게 되는 약 7년 간에 걸친 인류간에 크나큰 내전을 치루고 이 시점을 배경으로 다룬 작품이 초시공요새 마크로스의 프리퀄인 마크로스 제로이다. 다만 마크로스 시리즈 공식 연대표와 다소의 설정충돌이 있는 작품이므로 참고할 것., 결국 통합군이 승리함에 따라 2006년 통합정부가 수립된다.
ASS-1에 남겨진 외계인의 오버 테크놀로지를 연구한 인류는 급격한 과학발전을 이루어 냈고, 그에 따른 부산물로 VF-1이나 데스트로이드 등 거대 외계인에게 대응하기 위한 무기체계를 속속 개발해 냈다. ASS-1 자체도 지구방위용으로 재활용하기 위해 대단위 개수 작업에 들어갔으며 개수된 ASS-1에 SDF-1 ( Super Dimension Fortress. 초시공요새 ) 우연의 일치일 수도 있겠지만 아무래도 일본 작품이라 그런지 일본 자위대 ( Self-Defense Force ) 의 영문 약자인 SDF를 의식했을 수도 있다.이라는 형식명을 새로 부여하고 마크로스라는 이름을 붙이게 된다. 다만 SDF-1 마크로스에는 인간의 능력으로는 완벽하게 해석하지 못한 기술적인 부분도 꽤 남아있어서, 알 수 없는 이유로 오작동하는 경우도 더러 있었다. 당장 1화에서 진수식 도중 인류가 마크로스를 개장하면서 미처 파악하지 못한 외계인의 부비트랩 시스템이 작동해 추락한 ASS-1의 흔적을 따라 지구 궤도 근처까지 정찰나온 젠트라디 함대에 멋대로 주포를 쏴버려 함선을 일격에 격침시키면서 외계인과 인류의 첫 교전이 벌어지기도 했고, 워낙 함의 규모가 방대하다보니 첫 교전으로 긴급히 실전에 휘말리면서 미처 조사와 개장이 완료되지 않은 함 내 구획들도 많이 남아있어서 작품 중반부 까지도 여러가지 알 수 없는 이유로 오작동이 벌어지는 등 문제가 빈번했다. 어쨌든 인간이 사용할 수 있도록 개조되었고, 남아타리아 섬에서 진수식을 거행하게 되는데...
