해군본부는 대한민국 해군의 최고 운영 기구로, "해군의 정책, 군사력 건설의 소요 제기, 해군의 편성, 교육·훈련, 인사, 군수, 동원, 예비군, 작전지원 및 그 밖에 해군의 운영에 관한 사항을 관장한다." 이를 위해 해군참모총장을 보좌하는 참모 부서를 해군본부 내에 두고 있다. 해군참모총장은 국방부장관의 명을 받아 해군을 지휘·감독한다. 다만, 전투를 주임무로 하는 작전부대 ( 해군작전사령부, 해병대사령부 ) 에 대한 작전지휘·감독은 합동참모의장이 한다. 노태우 정부 이전까지만 해도 한국군은 3군 병립제로 각 군 본부가 전투부대에 대한 군령권 역시 지니고 있었으나, 1990년대 초 실시된 국방개혁인 818계획으로 한국군이 합동군 체제로 개편된 이후, 전투를 주임무로 하는 작전부대에 대한 지휘·감독은 합동참모의장이, 해군작전사령관은 해군의 작전·훈련과 군행정에 관한 사항을 관장한다. 현실적으로 군정·군령권을 칼로 무 자르듯이 명확히 구분하기 힘든 경우가 많고, 여전히 각군의 실세는 참모총장들이다.
해군본부는 충청남도 계룡시에 위치한 계룡대 내에 위치한다.
