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스토리는 조커의 폭탄으로 인해 저스티스 리그의 임무가 실패하고 메트로 폴리스에서 수백만의 사람이 죽은 이후, 슈퍼맨의 전환점이 되어서 인간들을 통치하는 이야기. 영상으로 통해 호크걸 확정, 아레스의 가능성도 높음(소스를 찾진 못했지만 해외에서 아레스가 나온다고 말이 나옴) 또한 레이븐도 확정 스토리모드에서 작은 인터렉티브 미니게임이 첨가(story mode will be peppered with small interactive mini-games like this to break up the action and add a little variety)는 실력이 안되서 번역불가 스토리모드의 경우 가면 갈수록 난이도가 올라가지만, 계속 패배할 경우 Ai가 멍청해지기 때문에 스토리 도중 포기하게 두지